A endoscopia do aparelho digestivo abrange diversos exames destinados a estudar o interior dos órgãos desse aparelho, por meio de equipamentos que, acoplados a microcâmeras e sistemas de aquisição de imagens, permitem a visualização das estruturas de maneira nítida e ampliada, de modo semelhante à visão direta.
Os métodos mais conhecidos dessa modalidade são a esofagogastroduodenoscopia ou endoscopia digestiva alta – e a colonoscopia.

A evolução tecnológica ocorrida nos últimos anos permitiu o desenvolvimento de endoscópios e colonoscópios equipados para a aquisição de imagens em alta definição (HD, do inglês high definition), característica que se tornou um grande diferencial desses exames. Novos medicamentos no campo da Anestesia também contribuíram para a melhoria da qualidade dos exames de endoscopia.

Por via endoscópica, é possível não só identificar lesões em toda a extensão do tubo digestivo, mas também acessar essas regiões para a realização de biópsias e para retiradas de pólipos, que complementam a investigação diagnóstica.

Técnicas mais recentes, que associam a endoscopia à ultrassonografia, permitem a visualização e a punção de lesões em órgãos vizinhos, como pâncreas, vias biliares e linfonodos. Além disso, os equipamentos viabilizam, ainda, procedimentos terapêuticos, tais como dilatações, implantes de próteses, passagens de sondas e ligaduras de varizes no esôfago.